Маркёр генетический (франц. marqueur, от marquer - отмечать), признак, по которому различаются штаммы (линии) организмов (клеток), используемых в генетическом анализе. Термин «маркер» применяется обычно в генетике микроорганизмов и соматических клеток. На основании результатов скрещиваний мутантных штаммов отдельных видов бактерий с различными маркерами определено положение различных генов в хромосомах (в том числе контролирующих признаки антигенности, вирулентности, лекарственной устойчивости и др.) и составлены генетические карты. Для скрещиваемых соматических клеток маркеры могут служить отдельные ферментативные, антигенные и другие свойства. Маркеры структуры популяции являются также любые дискретные наследственно обусловленные признаки (фены) у животных и растений. Например, по частотам выявления особей с белым кончиком хвоста хорошо различаются популяции водяных крыс.