Пигментация (от лат. pigmentum - краска), окраска тканей и органов, обусловленная образованием и отложением в них пигментов. В более узком понимании пигментация - отложение тёмно-коричневого и чёрного пигментов - меланинов - в коже, волосах (шерсти), перьях, чешуе и в радужной оболочке глаз, определяющих их цвет. От концентрации и распределения меланинов в волосах зависит окраска шерсти (меха) животных. В белой шерсти содержится незначительное количество меланина; с прекращением его биосинтеза связано поседение волос. Наиболее устойчива пигментация радужной оболочки глаз. При равномерном распределении и значительном количестве меланина радужная оболочка у животных бурого цвета; при небольшом количеств меланина она приобретает жёлтые оттенки. Голубой и синий цвет глаз обеспечивается мелкими белковыми частицами в клетках радужной оболочки, рассеивающими лучи света коротковолнового (голубого) диапазона; пигментный слой, расположенный за этими клетками, поглощает все другие лучи. Это же явление лежит в основе голубой и зелёной окрасок перьев птиц и зелёной окраски кожи животных (лягушка, ящерица). При альбинизме глаза, кожа и шёрстный покров не пигментированы. На степень пигментации кожи влияет ряд факторов внешней среды (температура, влажность), особенно свет (инсоляция). Пигментация усиливается под действием рентгеновских лучей, некоторых химических веществ (соединения серебра и висмута) и при некоторых патологических состояниях организма.
Пигментация патологическая - изменение специфического цвета органа, связанное с нарушением обмена пигментов, образованных в организме, или с накоплением в нём красящих веществ, поступающих извне. Эндогенная пигментация проявляется повышенным образованием или накоплением пигментов в тканях, например, билирубина с развитием желтухи, отложением пигментов в необычных местах, например, меланина во внутренних органах с развитием меланоза. Экзогенная пигментация характеризуется появлением в органах и тканях несвойственных им красящих веществ, например угля (антракоз), пылевых частиц (силикоз). Патологическая пигментация - один из важных показателей болезненного состояния внутренних среды организма и поэтому может иметь при некоторых болезнях диагностическое и прогностическое значение.